Pinky en Brain zijn twee genetisch gemanipuleerde laboratoriummuizen die overdag leven in een muizenkooi en ‘s avonds plannen ontwikkelen om de wereld te veroveren. De twee muizen zijn in alles elkaars tegenpolen: Pinky is goedgehumeurd maar wat snel afgeleid, terwijl Brain zijn gedachten goed op orde heeft maar in alles een duistere indruk weet te maken. Steven Spielberg produceerde alle 66 afleveringen van de tekenfilmserie, die oorspronkelijk startte als onderdeel van het Animaniacs programma.
In iedere aflevering van de serie bedenkt Brain een nieuw plan om de wereld in één klap te veroveren. Brain probeert dat plan eerst aan Pinky uit te leggen, die er vervolgens niets van snapt. Het plan mislukt altijd, omdat Pinky ergens iets doms doet, of gewoon omdat het plan vanaf het begin gedoemd was om te mislukken. Er is een uitzondering, Een aflevering waarin Brain wanhopig probeert de wereld juist niet over te nemen en waarin juist iedereen wil dat Brain de leiding van de wereld gaat overnemen. In de afleveringen wordt soms gerefereerd naar recente gebeurtenissen of andere bekende ontwikkelingen.
